国家杰出青年科学基金(30125001)
- 作品数：5 被引量：4H指数：2
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- 大肠杆菌O11 O-抗原基因簇序列的破译及特异分子标识的鉴定被引量：3
- 2006年
- 大肠杆菌O11是一种可在人畜间交叉传染的强致病菌,具有潜在流行性爆发的危险。现完成了O11 O-抗原基因簇的破译,筛选和鉴定了多种特异分子标识,并实现了对大肠杆菌O11的快速、灵敏和准确的分子分型检测。利用鸟枪法测定大肠杆菌O11 O-抗原基因簇的序列全长为14180bp,生物信息学方法分析序列结构,共发现12个基因:GDP-L型岩藻糖合成途径基因(gmd,fcl,gmm,manC,manB)、UDP-N乙酰葡萄糖C4异构酶基因(gne)、O-抗原转运酶基因(wzx)、O-抗原聚合酶基因(wzy)和4个糖基转移酶基因;用PCR方法筛选出2个针对大肠杆菌O11的特异基因和4对特异引物,并进行环境样品检测实验鉴定了该PCR检测方法的灵敏度;设计并筛选出8条针对大肠杆菌O11的特异探针。
- 王威彭霞王荃程剑松王磊
- 关键词：O-抗原基因簇分子分型特异基因
- 大肠杆菌O138 O-抗原基因簇的破译及Gne的生物信息学鉴定被引量：1
- 2004年
- 利用鸟枪法对大肠杆菌E .coliO138O 抗原基因簇进行测序 ,序列全长 14 139bp ,用生物信息学的方法进行序列分析 ,共发现 11个基因 ,分别为鼠李糖合成酶基因 (rmlB ,rmlD ,rmlA ,rmlC)、UDP GalNAcA合成酶基因 (gne ,gna)、糖基转移酶基因 (3个 )、O 抗原转运酶基因 (wzx)和O 抗原聚合酶基因 (wzy)。发现一种稀有单糖UDP Gal NAcA的合成途径 ,对合成该糖的第一种酶Gne进行了生物信息学鉴定 。
- 孔庆科程剑松赵广王磊郭宏杰郭玺
- 关键词：O-抗原特异基因UDP-GLCNAC
- 大肠杆菌O116 O-抗原基因簇的破译及PCR检测方法的建立被引量：1
- 2007年
- 目的测定大肠肝菌O116的O-抗原基因簇序列,鉴定其中的特异基因,建立PCR检测方法,替代传统的血清学检测。方法用长距离PCR方法扩增O116的O-抗原基因簇,PCR产物用鸟枪法建立测序文库进行测序,通过与GenBank中功能已知的蛋白的序列比较,进行基因功能的分析。用PCR方法证明基因簇中寡糖单位处理酶基因的特异性,以寡糖单位处理酶基因为靶基因建立PCR检测方法,并进行灵敏度测试。结果和结论基因簇全长为14323bp,共有11个基因,其中寡糖单位处理酶基因wzx和wzy具有高度特异性。所建立的PCR方法可检测2pg的基因组DNA、0.4CFU/g(猪肉样品)或4×102CFU/g(粪便样品)。可以代替传统的血清学检测。
- 韩巍青王威王磊
- 关键词：O-抗原基因簇特异基因PCR检测
- 大肠杆菌O23 O-抗原基因簇序列的破译及UDP-N-乙酰葡萄糖-C4异构酶的鉴定被引量：2
- 2006年
- 采用鸟枪法破译大肠杆菌O23标准株的O-抗原基因簇序列,并用生物信息学的方法进行了基因注释和分析;采用基因缺失和互补的方法鉴定了O23的UDP-GlcNAc C4异构酶(Gne);用同源建模的方法构建了O23 Gne的高级结构并对其活性位点进行了分析;分析了不同血清型大肠杆菌O-抗原基因簇中gne基因的多样性;根据O23O-抗原基因簇中的特异基因筛选出了可用于大肠杆菌O23快速检测的特异DNA序列。
- 程剑松王威王荃高春绪王磊彭霞
- 关键词：大肠杆菌O-抗原基因簇基因缺失
- 大肠杆菌和志贺氏菌O-抗原糖基转移酶与聚合酶的生物信息学研究被引量：1
- 2004年
- 利用生物信息学手段对大肠杆菌和志贺氏菌的 1 1 0个O 抗原糖基转移酶与 39个O 抗原聚合酶的序列进行分析 ,探讨这两种酶的序列和结构特点。统计了其序列一致性 ,密码子使用和 (G +C) %含量的特点 ;讨论了O 抗原糖基转移酶和聚合酶对底物的特异性 ;推测了 6组糖基转移酶的功能 ;通过对蛋白拓扑结构的预测 ,发现O 抗原聚合酶中广泛存在一个位于细胞周质中的亲水环 (Loop) ,是可能的功能区域 ;通过对蛋白高级结构的预测 ,发现O 抗原糖基转移酶属于两个不同的蛋白超家族。
- 陶江刘斌王荃郭宏杰冯露王磊
- 关键词：大肠杆菌志贺氏菌O-抗原糖基转移酶聚合酶生物信息学
