国家自然科学基金(61170287)
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- 基于群智能和冲突规避策略的基因-基因交互作用检测方法
- 2011年
- 针对当前检测基因-基因交互作用方法中存在的一些缺陷,提出一种基于群智能和冲突规避策略的基因-基因交互作用检测方法(DEIBSC).以SNP(single nucleotide polymorphism)为研究对象,从大量SNP中选出具有显著基因-基因交互作用的SNP组.初始化多个SNP组作为初值,同时产生多条搜索路径,利用得分单调递增原则寻找问题的解,通过冲突规避策略和群智能动态调整搜索路径的方向,使得到的解更能反映基因-基因交互作用在基因组范围内分布的情况.在仿真数据和真实数据上的实验证实,本文方法在统计能力上可以和SNPHarvester方法相比,在效率上有明显优势,得到的结果能够更广泛地代表基因-基因交互作用在基因组的分布.
- 刘天航殷建平赵志恒詹宇斌
- 关键词：全基因组关联研究单核苷酸多态群智能
- 基于禁忌搜索的多因子降维在上位作用检测中的应用
- 2011年
- 为了使多因子降维能够应用在大规模数据集的分析上,针对多因子降维穷举搜索单核苷酸多态(SNP)的组合的过程进行了改进,利用禁忌搜索的方法来代替穷举搜索.禁忌搜索以SNP的组合作为解,采用低阶的最优SNP组合作为高阶的初始解的一部分,随机替换当前解中的某个SNP作为邻域解,并采用全局多样化搜索,该方法在保证与多因子降维相当的分类正确率的基础上,显著地缩短了检测交互作用的时间.
- 杨俊殷建平詹宇斌
- 关键词：禁忌搜索
