国家自然科学基金(31172303)
- 作品数:3 被引量:4H指数:1
- 相关作者:陈创夫刘志方吴长新肖红冉郭吉星更多>>
- 相关机构:石河子大学剑桥大学山西大学更多>>
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- 绵羊MHC Ⅰ基因多态性位点分析显示基因座存在重叠(英文)
- 2016年
- 主要组织相容性I(MHC Ⅰ)类抗原分子重链基因是目前所有蛋白分子中多态性最高的分子。MHC Ⅰ分子重链有5个功能结构域,包括α1、α2、α3跨膜和胞浆区,其中α1和α2又是I类分子中多态性最高的区域。总的来讲,α1和α2结构域与等位基群或等位基因族系相关,而α3和跨膜及胞浆域与MHC Ⅰ类分子基因座相关。人们对MHC Ⅰ认识和知识主要来自人和鼠MHC Ⅰ研究,人和鼠MHC Ⅰ不存在基因座重叠现象,但最近研究发现灵长类MHC Ⅰ基因座存在重叠现象。生物学方法克服血清学方法不能定义或确定I类分子的基因座的缺点。本项目选择2只来自不同品系的绵羊,通过对它们的MHC Ⅰ类分子α1和α2 cD NA的克隆、测序和分析,研究绵羊MHC Ⅰ类分子多态性,并探索该基因在绵羊中是否存在基因座重叠现象。对来自2只绵羊20个α1和α2区域cD NA序列分析,2只绵羊9个或11个α1和α2 cD NA分子表明它们至少有5或6个MHC Ⅰ类分子等位基因。比较目前所有绵羊MHC Ⅰ类分子α1和α2 cD NA序列,结合分析α3跨膜区和胞浆区cD NA序列,参照目前单位片分析确定的绵羊MHC Ⅰ类分子基因座分布,我们发现绵羊MHCI分子基因存在基因重叠现象。
- 吴长新陈创夫因·默克纳尔巴巴拉·贝克露
- 关键词:CDNA序列多态性
- 新疆哈萨克绵羊MHC Ⅰ类分子基因的克隆与生物信息学分析被引量:1
- 2017年
- 为了研究新疆哈萨克绵羊主要组织相容性复合体(MHC)Ⅰ类分子基因序列的多态性,采用PCR和测序的方法分别克隆新疆哈萨克绵羊MHCⅠ类分子基因重链和轻链的c DNA全长,并进行生物信息学分析。结果表明:成功扩增出新疆哈萨克绵羊MHCⅠ类分子基因重链、轻链,大小分别为1 107 bp、357 bp;通过生物信息学软件预测蛋白质分子质量分别为90 ku和29.694 ku;等电点(p I)分别为5.00,5.23;重链富含G、C碱基,有两段跨膜螺旋,最大疏水指数为3.622,最小疏水指数为-2.922,预测整条肽链表现为亲水性,在1~84位碱基之间存在信号肽;轻链四种碱基含量基本一致,也有两段跨膜螺旋,在1~63位碱基之间存在信号肽。新疆哈萨克绵羊MHCⅠ类分子基因编码蛋白质的二级结构以无规则卷曲元件的含量最高,该蛋白质的三级结构由一条α链,另一条为β链通过非共价键组成,由α1、α2组成抗原结合槽;NCBI数据库中不同地区的哈萨克绵羊的MHCⅠ类分子基因的同源性在89.87%~99.91%之间,与数据库中牛的MHCⅠ类分子基因同源性达到了98.88%,轻链MHCⅠ类分子基因还与猪和人的同源性相对较高。
- 赵阳马齐蔓刘志方陈创夫
- 关键词:PCR生物信息学
- 新疆哈萨克绵羊MHCⅠ类基因第二、三外显子序列多态性分析被引量:3
- 2013年
- 为研究新疆中国哈萨克绵羊主要组织性抗原复合体Ⅰ类基因第二、三外显子的序列多态性,采用PCR和测序的方法对新疆伊犁地区36只哈萨克绵羊MHCⅠ类基因第二、三外显子进行了扩增和测序,并对序列进行了生物信息学分析。结果表明:哈萨克绵羊MHCⅠ类基因第二、三外显子序列具有丰富的多态性,碱基组成具有一定的不平衡性,并且经过了自然选择的作用,与数据库中牛的序列的进化分析显示了跨物种多态性。实验数据为深入研究绵羊MHCⅠ类基因的多态性及绵羊抗病新品种的选育提供理论依据。
- 刘志方吴长新张辉李蕊郭吉星肖红冉陈创夫
- 关键词:MHC聚合酶链式反应基因多态性