国家自然科学基金(69872018)
- 作品数：3 被引量：22H指数：3
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- 相关机构：清华大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金北京市科技计划项目更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 针对基因选择性剪接的多序列比对算法研究被引量：7
- 2001年
- 为对真核基因的选择性剪接形式进行准确、快速、有效的研究 ,提出了一种启发式多序列比对算法。该算法借助引导树启发序列之间的两两段对段比对 ,通过建立序列相似性估计模型 ,给出了一种由序列间相同词数估计序列相似程度的方法。利用这种方法构造引导树 ,大大缩短了其构造时间。通过采用序列间的段对段比对 ,克服了间隙罚分问题 ,更准确地反映了真核基因的选择性剪接形式。引导树构造方法的改进和快速局部比对算法的采用 ,使得算法运行速度大大高于一般算法。
- 计宏凯周晴闻芳季梁
- 关键词：多序列比对选择性剪接基因
- 基因调控过程中的典型控制环节被引量：5
- 2000年
- 生物系统的控制和机械系统的控制一样 ,都遵循控制论的基本原理 .生物学家对于基因调控和细胞信号传导过程已经进行了许多实验研究 ,急需对实验结果进行理论总结 .综述了这些研究成果 ,归纳出 7种典型的控制环节 .基因调控和信号传导路径可以由这些控制环节组合而成 ,可以用控制论进行分析研究 ,寻找其中的共同规律 .
- 卢欣李衍达
- 关键词：基因调控信号传导人类基因组计划
- 基于小波分析的膜蛋白跨膜区段序列分析和预测被引量：10
- 2000年
- 膜蛋白是一类结构独特的蛋白质 ,在各种细胞中普遍存在 ,发挥着重要的生理功能。目前仅有少数膜蛋白的结构被实验测出 ,因此用计算机预测膜蛋白的结构是蛋白质结构预测的主要研究内容之一。膜蛋白一般在膜上形成保守的跨膜螺旋结构 ,序列特征明显 ,比较适合用预测的方法确定跨膜螺旋区段的位置。国际上已有一些研究者用人工神经网络方法、多序列比对方法和统计方法进行了预测尝试 ,取得了一定的成功经验。我们对蛋白质序列数据库中的膜蛋白以及包含跨膜螺旋区段的膜蛋白的序列特征进行了统计分析 ,并基于统计分析的倾向性因子采用小波分析方法预测蛋白质序列上可能的跨膜螺旋区段和跨膜螺旋区段的拓扑布局。在统计分析中 ,我们根据蛋白质与膜的拓扑关系将序列分为跨膜螺旋区、非跨膜螺旋区两个特征结构区段 ,分别统计了氨基酸残基在这些区段中的分布 ,计算了它们在不同结构区段中的倾向性因子。在预测中 ,倾向性因子成为打分的主要依据 ,我们利用小波变换的分析方法对倾向性因子序列进行滤波。利用60个已知跨膜螺旋区段位置的蛋白质作为测试集检验小波分析的预测方法 ,实验结果表明这种预测方法具有较高的准确性。
- 李萍过涛李衍达孙之荣
- 关键词：蛋白质结构预测膜蛋白小波分析
