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甘蔗ScbHLH13基因的RT-PCR克隆与功能分析被引量:1
2023年
bHLH转录因子是植物体内重要的调节因子,对植物的生长发育、次生代谢以及花青素生物合成等方面具有调节作用。本研究以高粱bHLH13(XM_002440799.2)为探针序列,从甘蔗中通过RT-PCR克隆获得一个ScbHLH13基因,并对其在不同胁迫响应转录组数据中进行表达模式分析,同时对该基因及其所编码蛋白进行了理化性质预测以及系统进化、原生质体亚细胞定位和实时荧光定量PCR表达量分析。结果显示,ScbHLH13所编码蛋白包含586个氨基酸残基,以无规则卷曲和α螺旋为主,亲水且不稳定,呈弱碱性;具有典型核定位信号,无跨膜结构;其序列内包括bHLH-MYC、HLH 2个典型保守结构域,属于bHLH超家族成员。在系统进化中ScbHLH13属于Ⅲ (d+e)类组,与高粱亲缘关系最近。在转录组数据中, ScbHLH13的表达在甘蔗品种ROC22上受低氮胁迫和黑穗病菌侵染抑制,轻微受高粱花叶病毒侵染诱导;而在Badila受低氮、在YC05-179受甘蔗黑穗病菌侵染诱导。亚细胞定位结果显示,在烟草表皮细胞中瞬时表达ScbHLH13定位于细胞核和细胞膜,在甘蔗原生质体瞬时表达ScbHLH13则定位于细胞核。qRT-PCR分析表明,ScbHLH13在甘蔗原生质体中过表达并不能诱导花青素合成代谢通路上主要基因的表达,说明ScbHLH13与甘蔗中花青素合成相关下游基因表达调控相关性较低。本研究借助甘蔗原生质体瞬时表达系统上对ScbHLH13进行了初步的表达调控探究,为进一步研究甘蔗功能基因研究以及bHLH基因家族的结构与功能研究奠定了一定的基础。
莫广玲余陈静梁艳兰周定港罗俊王莫阙友雄黄宁凌辉
关键词:甘蔗原生质体
桑叶f3h基因PCR克隆与分析
2017年
目的克隆桑叶f3h基因并进行测序分析。方法选定了该基因的PCR扩增的上游引物为GTCCGAGACGAAGACGAG,下游引物为CTTGTACATCTCGGTGTA,PCR反应体系为95℃预变性2min→变性95℃15sec、退火58℃5sec、延伸72℃15sec(30个循环)→延伸72℃2min→4℃结束。并对克隆得到的片段进行分析。结果克隆出长度为515bP的片段,通过NCBI网站的ORF Finder找到开放式阅读框为345bp,翻译成氨基酸序列为115个氨基酸,理论分子质量为13202.2,等电点为5.43。结果证明本实验所扩增的基因片段为f3h。结论为进一步克隆f3h全长基因及下一步研究该基因的表达调控打下基础。
刘薇王阿娜万德光裴瑾
关键词:桑叶PCR
巢式PCR克隆猪T细胞表面抑制性受体PD-1全长基因
2017年
为了获得猪T细胞表面抑制性受体PD-1的全长基因,本研究根据猪T细胞表面抑制性受体PD-1的c DNA序列,设计合成2对引物P1/P2、P3/P4,并在P1和P2的5'端分别引入Eco RⅠ和XhoⅠ酶切位点。应用巢式PCR技术从感染猪瘟病毒(CSFV)石门株的猪外周血单个核细胞中,扩增获得了大小为866 bp的基因片段。将扩增的目的基因回收、纯化,克隆至p MD-18 T克隆载体,转化宿主菌DH5α。菌液PCR和质粒PCR选择可疑阳性重克隆质粒,抽提质粒,然后用Eco RⅠ、XhoⅠ双酶切鉴定,最后进行基因序列测定。结果表明,成功构建猪PD-1全长基因的重组质粒(p MD-PD1)。
朱艳平何勇岳锋李鹏韩爽孙国鹏张艳芳李润芷杨健邢瑞林王选年
关键词:PD-1巢式PCR
高粱可溶性酸性转化酶基因(SAI-1)PCR克隆方法
2016年
可溶性酸性转化酶(SAI)是蔗糖代谢途径中的关键酶,对植物生长发育起着至关重要的调节作用,研究简捷快速克隆可溶性酸性转化酶基因方法,对于育种材料和品种资源的基因分型具有重要意义。本研究通过已知的高粱可溶性酸性转化酶基因序列及高粱基因组中该基因序列片段,设计引物,比较了分段克隆、基因全长克隆、巢式PCR克隆等方法克隆高粱SAI-1基因的效果,结果表明,直接扩增全长,扩增产物极其不稳定且扩增产物纯化、连接,转化后得不到阳性克隆;采用均等分段克隆,前半段扩增产物纯化、连接转化后得不到阳性克隆,但后半段克隆成功;针对高粱基因组信息中SAI-1基因上游的未知序列部分设计引物,进行单独克隆(635 bp),再单独克隆其其余序列,两段序列拼接后得到SAI-1基因全长。序列分析发现,SAI-1前段635 bp的扩增片段GC含量高达69.6%,而其后GC含量急剧下降至30%以下,所以推测全长克隆、均等片段克隆以及巢式PCR克隆失败的原因可能是SAI-1基因中GC分布不均匀,克隆高粱SAI-1基因较为适宜的方法为利用2对引物进行不均等分段扩增克隆,前段PCR退火温度较后段高1℃。该方法将为其他研究人员提供有益参考。
钟海丽聂元冬王智顿宝庆李桂英
关键词:高粱
小鼠β-actin基因的RT-PCR克隆与真核表达被引量:3
2016年
以Trizol-异丙醇法提取小鼠肝脏总RNA,根据NCBI数据库中小鼠β-actin基因序列设计引物,采用RT-PCR技术扩增小鼠β-actin基因编码区并测序;以pcDNA3.1-flag为载体,构建β-actin基因真核表达质粒,继而将其重组产物转染于HeLa细胞,采用Western blot印迹法鉴定重组蛋白pcDNA3.1-flag/β-actin的表达水平。结果表明:克隆获得的289 bp片段与NCBI数据库中β-actin基因序列完全吻合,并且成功构建的pcDNA3.1-flag/β-actin真核基因表达载体,其重组质粒可在HeLa细胞中有效表达约43×10^3KD融合蛋白。
王丹丹李冬颖
关键词:小鼠Β-ACTIN基因RT-PCR克隆真核表达
亚洲玉米螟Pgi基因全长的同源PCR克隆被引量:1
2015年
为从核酸水平上研究亚洲玉米螟 Pgi 基因,以 GenBank 中的鳞翅目昆虫 Pgi 基因 mRNA 序列为参考序列,利用 MEGA 5.0软件、IDT 在线程序及 Primer Primer5.0软件等设计用于扩增亚洲玉米螟Pgi 基因编码序列的引物,同时利用 PCR 扩增及序列分析验证引物的有效性。结果表明:测定的亚洲玉米螟 Pgi 基因编码序列与 Genbank 中美国白蛾、苜蓿黄蝶等鳞翅目昆虫 Pgi 基因 mRNA 序列均具有较高的相似度(达78%~85%),表明,设计的引物均具有较强的有效性,能成功地扩增出亚洲玉米螟 Pgi 基因编码序列。
苏国连和淑琪陈斌李正跃
关键词:PGI引物设计亚洲玉米螟
热不对称交错PCR克隆bapt基因侧翼序列被引量:1
2015年
紫杉醇是来源于红豆杉植物的抗癌药物,广泛应用于乳腺癌和小细胞肺癌等临床治疗。巴卡亭Ⅲ-氨基苯基丙酰-13-O-转移酶基因(bapt)的表达是紫杉醇合成的瓶颈,解析该基因侧翼序列是人工调控紫杉醇合成途径的前提。采用同源克隆和热不对称交错PCR技术,扩增获得bapt基因及其侧翼的染色体序列5.6 kb。生物信息学分析表明,bapt基因含有2个外显子和1个内含子,编码区长度1 338 bp;5’端侧冀序列1 604 bp,包含启动子元件;3’端2 582 bp,含有终止子元件242 bp。发现的转录元件将应用于代谢工程改造红豆杉细胞,提高紫杉醇产量。
林春燕郭婧赵广荣
关键词:红豆杉
玉米C_4型PPDK基因的分段PCR克隆及其表达载体构建
2014年
丙酮酸磷酸双激酶(PPDK)是C4植物和景天科酸代谢(CAM)植物光合作用的关键酶,催化形成固定CO2的初始分子受体磷酸烯醇式丙酮酸(PEP)。玉米的C4型PPDK基因序列较长,难以直接克隆。本研究设计多对引物,首先利用常规PCR扩增PPDK启动子,再利用分段PCR扩增PPDK基因全长编码序列;测序证实克隆序列正确无误,最后利用In-Fusion技术将各个片段定向克隆至载体p CAMBIA-1391Z,成功构建了玉米C4型PPDK基因的植物表达载体。最终为C4型PPDK基因功能研究和C3植物遗传转化提供可用的基因序列,为全长基因的高效克隆及表达载体构建提供参考。
崔震海王雷阮燕晔张立军朱延姝樊金娟
关键词:玉米PPDK克隆表达载体构建
利用TAIL-PCR克隆Gluconobacter suboxydans葡萄糖脱氢酶基因及其生物信息学分析被引量:3
2014年
以Gluconobacter suboxydans J菌株基因组DNA为模板,基于吡咯喹啉醌附着位点的保守区域设计引物,通过交错式热不对称PCR获得编码葡萄糖脱氢酶(glucose dehydrogenase,GDH)的全长基因(gdh),并对其序列进行生物信息学分析。结果表明:gdh基因全长2 268 bp,编码755个氨基酸,其蛋白序列与Gluconobacter属的GDH具有较高的同源性。GDH的分子质量约为81.72 ku,pI值约为5.14;GDH蛋白的二级结构由18.41%的α-螺旋、16.16%的延伸和65.43%的无规则卷曲3种结构模块组成;GDH N末端的AA 1~140区域有5个跨膜结构域。
戴宝新冯惠勇李天明刘天佳刘静文仪宏
关键词:葡萄糖酸葡萄糖脱氢酶生物信息学
多重PCR克隆性检测技术在B细胞恶性淋巴肿瘤中的检测应用及意义
目的研究B细胞恶性淋巴肿瘤的单克隆性,探究非侵入性多重PCR克隆性检测技术在B细胞恶性淋巴肿瘤中的诊断价值和意义。方法以我实验室2010年3月至2014年3月收到的初发180例B细胞恶性淋巴肿瘤患者的用EDTA抗凝的骨髓...
王子铭王季石章亚明胡秀英赵江源
文献传递

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武波
作品数:146被引量:536H指数:14
供职机构:广西大学生命科学与技术学院
研究主题:基因 克隆 菌株 Β-葡萄糖苷酶 氨基酸残基
周盛
作品数:20被引量:32H指数:3
供职机构:玉林师范学院
研究主题:代谢途径 诱变育种 微生物 PCR克隆 谷氨酸生产菌
蔡心涵
作品数:60被引量:283H指数:11
供职机构:浙江大学
研究主题:大肠癌 大肠肿瘤 光敏剂 藻蓝蛋白 大肠癌细胞株
耿礼义
作品数:7被引量:47H指数:4
供职机构:浙江医科大学肿瘤研究所
研究主题:大肠癌 大肠肿瘤 基因 聚合酶链反应 腺瘤性
谢庆军
作品数:15被引量:28H指数:4
供职机构:军事医学科学院基础医学研究所
研究主题:基因治疗 自杀基因 肿瘤 黑色素瘤 抑制消减杂交技术