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一种基于核心基因组多位点序列的真核生物分型方法、系统及可存储介质: 本发明提供了一种基于核心基因组多位点序列的真核生物分型方法、系统及可存储介质，涉及生信分析领域。所述分型方法包括：获取待分析样本的测序数据，基于测序数据进行基因组组装，基因功能注释，得到基因集；对基因集进行筛选，得到核心...; 杨英王宇辰马腾张欣然胡珊周星辰

骨关节炎核心基因的生物信息学鉴定: 2025年; 背景:目前骨关节炎成为影响老年人生活质量的主要疾病,治疗效果欠佳,临床治疗措施主要集中在阻止疾病的进程,同时骨关节炎的发病机制尚不完全清楚。为了探索骨关节炎的主要发病机制和基因编码调控的相关机制,进行生物信息学分析。目的:通过基因表达谱筛选出在骨关节炎中起主要作用的核心差异基因。方法:从基因表达综合数据库(GEO)下载数据集:GSE114007、GSE117999和GSE129147,利用R软件筛选出GSE114007和GSE117999数据合集的差异基因,将差异基因进行加权基因共表达网络分析,选择和骨关节炎最相关的模块基因并进行蛋白互作分析,利用cytocape软件筛选出候选核心基因,随后将候选核心基因进行最小绝对收缩和选择算子回归(LASSO回归)和COX分析,鉴定出在骨关节炎中起关键作用的核心基因,利用外部数据集GSE129147验证核心基因的准确性。结果与结论:①共鉴定出477个差异基因,加权基因共表达网络分析获得265个和骨关节炎相关的差异基因,共鉴定8个候选核心基因,LASSO回归分析最终获得了一个具有核心价值的差异基因ASPM并进行了外部验证;②提示通过生物信息学筛选出基因ASPM表达异常在骨关节炎中起到关键核心作用。; 朱雪坤刘恒冯晖高云龙文磊蔡筱松赵奔仲敏; 关键词：骨关节炎差异表达基因生物信息学

一种放射性肺损伤核心基因及靶向中药筛选的分析方法: 本发明涉及一种放射性肺损伤核心基因及靶向中药筛选的分析方法，包括如下步骤：采集并处理放射性肺损伤的基因表达数据芯片中的数据，对芯片数据进行质量控制；筛选放射性肺损伤的表达差异基因；对所述放射性肺损伤的表达差异基因进行GO...; 李建华刘沛瑶王志鹏刘欢郭婷婷秦秀军李建国

酒精使用障碍和精神分裂症共同表达的核心基因筛选和潜在分子机制分析: 2024年; 目的:应用生物信息学方法筛选酒精使用障碍(AUD)和精神分裂症(SCZ)具有共同表达趋势的关键基因和相关分子机制。方法:从基因表达综合数据库下载AUD基因表达数据集GSE161986以及SCZ基因表达数据集GSE53987、GSE17162和GSE21138。对上述基因表达数据集进行标准化处理并筛选在AUD和SCZ中均存在显著差异表达基因(DEGs)。使用注释可视化与综合发现数据库(DAVID)对筛选到的DEGs进行富集分析,使用相互作用基因的搜索工具数据库(STRING)和Cytoscape软件进行蛋白-蛋白互作(PPI)网络构建并筛选两种疾病共有的关键基因。使用AUD芯片数据集GSE44456和SCZ芯片数据集GSE87610对筛选出的潜在核心基因进行验证分析。结果:共筛选出95个DEGs,表达上调的DEGs主要参与凋亡过程的负调控和NF-kappa B信号通路调控;表达下调的DEGs主要参与化学突触传递和神经活性配体-受体相互作用通路。金属硫蛋白基因(MTIG)、MT2A和微白蛋白基因(PVALB)可能是AUD和SCZ共病以及导致酒精所致精神障碍发病的潜在关键基因。结论:MTIG、MT2A和PVALB表达异常可能在AUD和SCZ共病及酒精所致精神障碍的发病过程中起到关键作用,并可能作为上述相关疾病诊断和治疗的潜在分子靶标。; 朱有为赵容苏杭钟娜江海峰杜江赵敏; 关键词：酒精使用障碍精神分裂症差异表达基因核心基因

宫炎平作用于慢性盆腔炎的核心基因的筛选方法: 本发明公开了宫炎平作用于慢性盆腔炎的核心基因的筛选方法，涉及药物靶点筛选技术领域。该方法包括：获取PID患者组织中的差异表达基因；获取地稔、两面针、当归、五指毛桃以及柘木的活性化学成分，及所述活性化学成分对应的靶基因；用...; 林荣钿叶耀良滕云霞

一种基于核心基因设计的茄科雷尔氏菌检测引物及其应用: 本发明公开了一种基于核心基因设计的茄科雷尔氏菌检测引物及其应用。本发明提供了一种用于鉴定或者辅助鉴定茄科雷尔氏菌的引物对，是根据茄科雷尔氏菌基因组中CDC45_RS17435基因设计得到的，所述引物对由SEQ ID No...; 魏海雷马毅楠从珅廖开吉谷医林李俊州

基于生物信息学分析肝细胞癌中潜在的核心基因和关键通路: 2024年; 目的基于生物信息学分析探索肝细胞癌(HCC)中潜在的核心基因和关键通路,为HCC的诊断和治疗提供新思路。方法本研究使用基因表达数据库(GEO数据库)下载数据集,通过GEO2R在线工具和韦恩图工具筛选出差异表达基因(DEGs),利用STRING数据库和Cytoscape软件进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析并筛选出核心DEGs,并利用GEPIA2在线网站工具分析与预后相关的核心基因。结果本研究在3个数据集中共筛选出210个差异表达基因(DEGs),包括143个共下调基因和67个共上调基因。对共有的DEGs进行蛋白互作(PPI)网络分析,筛选出10个核心基因。GEPIA2分析结果表明,核心基因不仅与HCC免疫细胞浸润相关,也与HCC组织中不同病理阶段的表达水平相关(P<0.05)。将筛选出的10个核心基因进行生存分析,结果显示有6个基因与HCC预后相关。结论本研究筛选出的核心基因和通路可能作为HCC潜在的预后生物标志物和免疫治疗靶点的选择。; 何雅慧陈芝涛林胜璋; 关键词：肝细胞癌差异表达基因核心基因生物信息学分析

基于生信分析对脓毒症相关性脑病中神经炎症相关核心基因的筛选: 2024年; 目的:通过生信分析筛选脓毒症相关性脑病(sepsis associated encephalopathy,SAE)中小胶质细胞介导神经炎症的核心基因,并通过体外细胞学实验验证。方法:从基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)中获取脓毒症患者外周血全转录组测序数据集GSE65682以及体外脂多糖(lipopolysaccharides,LPS)诱导小胶质细胞活化模型基因芯片数据集GSE103156。采用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)筛选GSE65682数据集中与脓毒症临床诊断显著相关的模块,与GSE103156数据集中LPS处理前后小胶质细胞的差异表达基因(differentially expressed gene,DEG)相交,利用基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)对DEG进行功能富集分析。采用STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用网络、Cytoscape以及Lasso回归分析筛选核心基因。构建LPS诱导BV2小胶质细胞活化体外细胞模型,采用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,RT-qPCR)检测基因表达;采用慢病毒载体法过表达组蛋白去乙酰化酶9(histone deacetylase 9,HDAC9),Western blot检测炎症相关分子表达。结果:WGCNA分析得到GSE65682数据集中与脓毒症临床诊断相关的9个模块、共332个基因,通过Limma分析得到GSE103156数据集中LPS刺激前后小胶质细胞的1 272个DEGs,二者取交集后得到18个交集基因,进一步采用Lasso回归分析筛选得到4个枢纽基因分别为七跨膜G蛋白偶联受体183(G protein-coupled receptor 183,GPR183)、HDAC9、烟酰胺腺嘌呤二核苷酸激酶(nicotinamide adenine dinucleotide kinase,NADK)、富含亮氨酸重复蛋白25(leucine rich repeat containing 25,LRRC25)。RT-qPCR结果证实在LPS刺激的小胶质细胞炎性活化模型中,Gpr183和Hdac9基因的m RNA表达下调、Lrrc25表达上调,而Nadk表达无明显变化;Western blot显示过表达HDAC9可促进LPS诱导小胶质细胞促炎因子白介素(; 苏思璇尚彦星段程伟梁彩霞张冬梅; 关键词：小胶质细胞差异基因核心基因

基于加权基因共表达网络分析的动脉粥样硬化中铁死亡核心基因及其与免疫浸润细胞的关系研究: 2024年; 目的基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选动脉粥样硬化(AS)中铁死亡核心基因,并分析其与免疫浸润细胞的关系。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载AS转录组数据集GSE100927[筛选出颈动脉样本41个,包含12个健康对照者的颈动脉样本(对照组)和29个AS患者的颈动脉样本(AS组)]。从FerrDb数据库下载铁死亡相关基因(FRG),去除重复基因后,最终纳入了564个FRG。利用R软件(版本4.2.3)进行数据预处理、差异表达基因(DEG)筛选、WGCNA,通过在线String数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)分析及确定核心基因,比较GSE100927中对照组和AS组核心基因表达水平,并分析GSE20129和GSE226790中核心基因表达水平,同时进行单样本基因集富集分析(ssGSEA)及免疫浸润分析。结果共筛选出了508个DEG。网络拓扑分析结果显示,软阈值为2。共识别到5个基因模块,其中绿松石色基因模块与AS相关性最强(r=-0.96,P<0.001),该基因模块共包含15 087个基因。将绿松石色基因模块中的基因、FRG、DEG取交集,共得到17个交集基因。PPI分析结果显示,构建出1个含有17个节点、60条边的PPI网络图;核心基因分别为IL1B、CTSB、HMOX1、CDKN2A、ALOX5。在GSE100927中,AS组IL1B、CTSB、HMOX1、CDKN2A、ALOX5表达水平高于对照组(P<0.05);在GSE20129中,AS组IL1B、HMOX1表达水平高于对照组(P<0.05);在GSE20129中,对照组与AS组CDKN2A、ALOX5表达水平比较,差异无统计学意义(P>0.05);在GSE226790中,对照组与AS组CTSB表达水平比较,差异无统计学意义(P>0.05)。ssGSEA结果显示,IL1B、CTSB、HMOX1、CDKN2A、ALOX5主要涉及铁死亡、脂肪消化吸收等机制。AS组静息CD4记忆T淋巴细胞、浆细胞表达水平低于对照组,活化肥大细胞、单核细胞、滤泡辅助性T淋巴细胞、记忆B细胞表达水平高于对照组(P<0.05)。相关性分析结果显示,IL1B表达水平与活化肥大细胞、中性粒细胞表达水平呈正相关,; 方柔柔杨启帆韩若冰邬东东孙娜李娟徐守竹赵晶; 关键词：动脉粥样硬化核心基因

基于生信分析放射性肺损伤核心基因及靶向中药筛选: 2024年; 为了探索放射性肺损伤发病机制及预测潜在靶向治疗的中药,利用生物信息学方法分析放射性肺损伤与正常肺组织的表达差异基因,从GEO数据库选取GSE202586数据集,通过GEO_(2)R分析得出表达差异基因,对表达差异基因进行GO功能富集分析及KEGG信号通路分析,通过STRING数据库构建蛋白互作网络,利用Cytoscape获得核心基因,通过Coremine Medical预测靶向作用于核心基因的中药.结果共获得差异基因113个,其中88个基因表达上调,25个基因表达下调,主要涉及细胞过程、免疫过程及信号的调节,非跨膜蛋白酪氨酸激酶和信号受体的活性等生物过程;主要富集在免疫系统信号通路.蛋白互作分析筛选出8个核心基因包括CD19,CD22,CD52,CD86,LCP2,PAX5,SPN,TNFRSF13C.将筛选整合得到的8个核心基因通过数据库进行靶向中药的筛选,归纳总结3类相关治疗的中药,包括以赤芍、苦蘵、白花蛇钱草、白英为代表的清热解毒药,以槐角、姜黄、川牛膝为代表的凉血止血、活血化瘀药,以枳实、车前子、灵芝、野山药为代表的补气理气药.该研究利用生物信息学分析预测放射性肺损伤发生的作用机制及潜在治疗的中药,为进一步的科学研究与临床应用提供参考.; 李建华郭婷婷王志鹏侯彦婕秦秀军李建国; 关键词：放射性肺损伤差异基因

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