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- 一种利用调控分裂基因构建多倍体大肠杆菌的方法
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- 梁泉峰王苏蒙祁庆生
- 基因构建物、表达载体、细菌表面展示系统及其应用
- 本公开涉及基因工程技术领域,提供了一种基因构建物,包括脂蛋白信号肽SP<Sub>lpp</Sub>的编码序列、N端截短的黏附素Neae的编码序列以及靶标蛋白的编码序列;其中,N端截短的黏附素Neae的编码序列位于脂蛋白信...
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- 一种鉴定来自用于细胞治疗应用的基因构建体的基因产物中的变体的方法
- 一种确保用于细胞治疗的基因产物不存在因产生不期望的变体而降低功效或毒性的风险的方法。该方法包括对基因构建体执行计算机模拟分析以鉴定和改变可能引起变体的序列。此外,该方法包括执行体内分析,该体内分析由基于构建体的产物的RN...
- J·安德雷德E·博洛廷A·S·福尔克E·H·里奥
- 用于表达MRNA的基因构建体
- 本发明涉及用于表达mRNA的基因构建体,以及各自包括该基因构建体的药物组合物、疫苗组合物和基因治疗组合物。更具体地,本发明涉及包括冠状病毒(SARS‑CoV‑2:严重急性呼吸综合征冠状病毒2)衍生的5'非翻译区(UTR)...
- 安城皖
- 通过梯度稀疏从祖先选择学习基因构建后代模型的方法
- 本发明提供了通过梯度稀疏从祖先选择学习基因构建后代模型的方法,包括:构建包含稳定模块和弹性模块的祖先模型;稳定模块的参数是通过梯度稀疏选择的祖先模型见过的所有任务的共性知识,能够用来适应各种下游任务,作为祖先模型的学习基...
- 耿新林淑霞杨旭
- 用于神经退行性病症或中风的治疗的基因构建体
- 本发明提供了基因构建体和包含此类构建体的重组载体。所述构建体和载体可在用于治疗、预防或改善神经退行性病症(包括阿尔茨海默氏病、帕金森氏病、亨廷顿氏病、运动神经元疾病),或用于治疗中风,或用于促进神经再生和/或存活的基因疗...
- 彼得·威多森基思·马丁
- 利用shRNA沉默人Tim-3基因构建CAR-T细胞的方法及其应用
- 本发明提供了利用shRNA沉默人Tim‑3基因构建靶向ROR1的CAR‑T细胞的方法及其应用,本发明方法制备的HKP55 CAR‑T细胞能应用于癌症的治疗。本发明通过设计3种不同的小发卡RNA(shRNA)序列特异性的靶...
- 吴炯夏玉龙师春青金昕
- 基于免疫相关基因构建神经母细胞瘤预后模型及潜在干预药物预测
- 2024年
- 目的基于免疫相关基因构建神经母细胞瘤预后模型,探讨其在神经母细胞瘤中的作用,并预测挖掘潜在的干预中药。方法通过limma包对TARGET-NBL数据集中高危患者组和非高危组表达谱数据进行差异分析。差异基因与ImmPort数据库中的免疫相关基因取交集,对差异免疫相关基因进行富集分析。应用单因素/多因素Cox回归分析、Lasso回归分析进一步筛选预后相关免疫差异基因,据此建立预后模型。采用CIBERSORT和单样本基因集富集分析(single-sample gene-set enrichment analysis,ssGSEA)评估高风险评分组和低风险评分组样本中免疫细胞的丰度。通过CTD和COREMINE数据库预测与预后模型中基因高度相关的化合物和中药。结果在高危患者中147个差异免疫相关基因显著富集在Janus激酶(Janus kinase,JAK)/信号转导和转录激活因子(signal transducer and activator of transcription,STAT)、Ras、B细胞受体、环磷酸腺苷(cyclic adenosine monophosphate,c AMP)、磷脂酰肌醇-3-羟激酶(phosphatidylinositol-3-hydroxykinase,PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,Akt)、Rap1、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)、转化生长因子-β(transforming growth factor-β,TGF-β)等多个信号通路。单因素/多因素Cox回归分析显示促甲状腺激素β亚基(thyroid stimulating hormone subunit beta,TSHB),肽脱甲酰基酶、线粒体(peptide deformylase,mitochondrial,PDF),血管生成素样蛋白3(angiopoietin like 3,ANGPTL3),前列腺素E受体1(prostaglandin E receptor 1,PTGER1)是高危神经母细胞瘤预后的独立影响因素。基于Lasso分析构建的免疫预后模型中,高风险评分组较低风险组评分组预后差(HR=4.49,95%CI:2.40~8.38,P<0.001),Calibration校正曲线和决策曲线也证明了该模型具有较好的预后效能和一定的临床实用性。CIBERSORT和ssGSEA免疫分析均显示CD8+T细胞在预后模型低风险评分组中浸润水平较高风险评分组显著升高(P<
- 马云飞史学黄静尤圣杰刘畅苏雁赵文黄程秦静胡艳倪鑫
- 关键词:神经母细胞瘤免疫相关基因预后模型双酚A
- 基于细胞焦亡与免疫相关基因构建及验证肝细胞癌预后风险模型
- 2024年
- 目的:利用生物信息学方法构建并验证细胞焦亡与免疫相关基因的肝细胞癌预后风险模型,根据其风险评分探索免疫相关性特征,以指导个性化免疫治疗。方法:从TCGA、GEO官网分别下载TCGA-LIHC和GSE14520基因表达谱,从INNATEDB和IMMPORT官网下载免疫相关基因。以TCGA为训练组,GEO为测试组,对训练组细胞焦亡基因表达谱采用Cox回归分析,筛选预后相关基因进行共识聚类分组,提取分组间差异基因与免疫相关基因的交集基因,对交集基因应用单因素Cox和Lasso回归分析,得到预后相关风险评分模型。根据训练组风险中位值划分高低风险组,利用测试组验证模型可行性,最后探索训练组富集分析(GO、KEGG、GSEA)、免疫相关性分析及模型基因蛋白表达情况。结果:共筛选出9个可靠的风险模型基因(ICAM1、S100P、FABP3、CCL20、HRG、IGHM、SPP1、C4BPA、C6)。GO富集分析显示风险差异基因主要参与各种代谢过程。KEGG富集分析显示风险差异基因主要参与补体和凝血级联信号通路。GSEA富集分析显示高风险组与致癌途径的激活密切相关。在免疫浸润、免疫相关通路及免疫检查点中发现高低风险组具有显著差异。HPA数据库证明ICAM1、S100P、SPP1模型基因免疫组化表达存在明显差异。结论:9个基因组成的风险模型可能成为肝细胞癌发生、发展及预后相关的潜在生物标志物,并为优化肝细胞癌的诊治提供新线索。
- 谢彬任婷婷
- 关键词:肝细胞癌免疫相关基因预后
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